De Habitatrichtlijn kent als twee belangrijkste instrumenten de
gebiedsbescherming en de soortbescherming. Gebieden vallen,
samen met gebieden voortkomend uit de Vogelrichtlijn, binnen
de Europese variant van de EHS, Natura 2000. Dit is een netwerk
van natuurgebieden dat de Europese biodiversiteit veilig
moet stellen. Gebieden kunnen worden geselecteerd omdat er
van een bepaald bedreigd biotooptype sprake is, of omdat er
bescherming behoevende soorten voorkomen. De voor het soortenbeleid
relevante bijlagen van de Habitatrichtlijn zijn 2, 4 en 5.
Bijlage 2 bevat soorten van communautair belang (= soorten
met een lidstaatoverstijgend gemeenschappelijk belang), waarvoor
het aanwijzen van speciale beschermingszones (SBZ) vereist
is.
Op Bijlage 4 van de Habitatrichtlijn staan de dier- en plantensoorten
van communautair belang die strikt moeten worden
beschermd. Dat wil zeggen dat in de nationale wetgeving moet
worden opgenomen dat ze niet opzettelijk gedood of gevangen
mogen worden.
Bijlage 5 tenslotte wordt gevormd door soorten ‘waarvan het
onttrekken aan de natuur, en de exploitatie aan beheersmaatregelen
kunnen worden onderworpen’. Hierop staan soorten
zoals de wijngaardslak Helix pomatia waarvan in de gaten
moet worden gehouden of ze niet te veel verzameld worden
voor consumptie en/of handel.